La década de 1990 constituyó un periodo de grandes desafíos para la PDI. Con el regreso de la democracia, los temas vinculados a la seguridad ciudadana, el temor y la delincuencia, fueron posicionándose como una de las grandes preocupaciones de los habitantes del país. Por ende, las expectativas sobre el trabajo policial se vieron incrementadas, así como la exigencia de mayor efectividad y eficacia en los resultados operativos.

Sin embargo, la Policía de Investigaciones arrastraba un déficit de infraestructura y recursos que se había prolongado por más de una década. Las condiciones laborales de los detectives eran precarias. Además, casos de falta a la probidad ensombrecieron el actuar de la institución. Por este motivo, la década de 1990 conllevó un profundo trabajo de depuración, perfeccionamiento de los mecanismos de control interno y de compromiso con el Estado de Derecho y la democracia.

En 1995 se formuló el primer Código de Ética Policial, constituyendo una de las primeras organizaciones policiales de la región en implementar una iniciativa de estas características. Aspectos que se reforzaron durante la década siguiente: en el año 2008 se actualizó el Código de Ética profundizando los principios originales y actualizando sus contenidos para dar respuestas a desafíos emergentes en un escenario de cambios constantes y de una sociedad compleja y diversa. El mismo año se definió la Carta de Derechos Ciudadanos, donde se ratificó la vocación de servicio publico y la orientación hacia la ciudadanía de la PDI. De igual modo, en 2009 se creó la figura del Contralor Regional, que se constituyó como la principal figura a nivel regional del monitoreo de los controles internos, representante directo del Inspector General. Ello, con el fin de evitar la emergencia de conductas indebidas en la organización.

En este sentido, el proceso de modernización de la Policía de Investigaciones comenzó a fines de la década de los noventa, con la ejecución de un conjunto de proyectos destinados a superar un déficit histórico en infraestructura, logística, informática y recursos para la investigación criminal. Las iniciativas del Plan Fénix I y Plan Fénix II mejoraron las condiciones de trabajo del detective y dignificaron su labor como servidor público.