Los esfuerzos de la organización por mejorar su desempeño y su compromiso irrestricto como servicio público, le valieron el reconocimiento de las autoridades ejecutivas y legislativas del país. En 1998, se aprobó la Ley de Plantas, que entre otras cosas, fusionó el escalafón femenino y masculino de oficiales policiales. Con esta modificación, las oficiales mujeres pueden acceder a los máximos grados de la organización, incluyendo el de Director General. En tanto, la reforma a la Ley Orgánica Constitucional de Enseñanza (Loce), reconoció a la Academia Superior de Estudios Policiales y a la Escuela de Investigaciones Policiales la facultad de otorgar títulos profesionales y grados académicos, en su respectivo quehacer profesional.

En 1999, el Presidente de la República Eduardo Frei Ruiz-Tagle inauguró el nuevo edifico de la Escuela de Investigaciones Policiales “Presidente Arturo Alessandri Palma”, ubicada en la comuna de Estación Central, que se convirtió en el edificio más moderno en aspectos de formación policial de Latinoamérica. Estas señales ratificaron la confianza de las autoridades y de la ciudadanía en la PDI. Por esta razón, la organización respondió redoblando el compromiso público.

Entre 1998 y 2003 la organización reforzó su perfil científico-técnico y ajustó sus actuaciones para cumplir su misión en un contexto democrático, promoviendo el pleno respeto de los derechos humanos y la ética profesional. Estos avances establecieron las bases para impulsar una reflexión colectiva sobre las fortalezas y limitaciones de la institución, así como dimensionar los desafíos a enfrentar en los próximos años.

En 2003, a partir de un diagnóstico organizacional apoyado por una consultoría del Departamento de Ingeniería Industrial de la Universidad de Chile, se instaló la necesidad de planificar el desarrollo organizacional con un sentido estratégico que potenciara las políticas públicas de seguridad y el sistema de persecución penal, considerando la entrada en vigencia de la Reforma Procesal Penal. La convicción que sostuvo el cambio organizacional, se fundamentó en que, para crear valor público, la organización debía ser capaz de gestionarse adecuadamente en todos sus ámbitos, de manera proactiva, de manera estratégica. Este era el único camino posible para estar en sintonía con las directrices de modernización del Estado del país y, convertirse así, en un organismo público de excelencia.