Otro hecho importante ocurrido en la evolución histórica de la Policía, fue la incorporación de la mujer a la función policial, en 1896 ingresaron las tres primeras mujeres agentes, cuya misión estuvo orientada a la investigación de delitos de connotación sexual. Este hecho es relevante, pues determinará características de la PDI en el futuro: Constituir una organización pionera en la incorporación de mujeres a sus filas y ser un referente en la investigación de delitos sexuales.

Durante este período de desarrollo, los agentes investigadores de la Sección de Seguridad se van transformando en actores protagónicos como auxiliares de los tribunales de justicia, al adoptar las técnicas más avanzadas de la época en cuanto a identificación de personas y métodos de investigación criminal. Ello, otorgaba mayor validez al sistema de justicia.

En 1900, la Sección Seguridad se hace cargo de la Sección de Detenidos de Santiago con las correspondientes tareas judiciales y de identificación, considerando las experticias generadas en este ámbito por sus agentes.

El fin del siglo XIX y comienzos del XX, dio muestras de los progresos científicos logrados por la acción policial, quienes incorporaron de manera proactiva los avances de la ciencia y la tecnología en la investigación de los delitos: primero con el perfeccionamiento de la identificación criminal con la fotografía y luego con la utilización de la antropometría de Bertillón y la dactiloscopía de Vucetich.

De esta forma, Chile se convirtió en el primer país de América Latina en confeccionar una “galería de delincuentes”. Además, se comenzó a utilizar la planimetría para estudiar el sitio del suceso, junto a los avances del Derecho Penal y de la Criminología, orientaron la opción por la “Policía Científica” como modelo profesional de los agentes, lo que los distinguía y diferenciaba de la policía uniformada.

También se comenzó a utilizar el manual de criminalística denominado “Las Investigaciones del Delito”, antecedente inédito en América Latina para la época, escrito por el abogado y agente Ventura Maturana Barahona, hecho que anunció el desarrollo de la Criminalística como pilar fundamental para el policía investigador y los esfuerzos por contar con procedimientos protocolizados que profesionalizaran la labor de los policías investigadores, así como métodos rigurosos para indagar los delitos.