En el cumplimiento de las funciones que la Constitución y las leyes le asignan, así como las demás tareas a las que se obliga en el marco de las políticas de seguridad y justicia en nuestro país, la Institución se relaciona con las Secretarías de Estado por intermedio de la Dirección General. Para este efecto, el Mando y la Jefatura Superior, la Dirección y Administración de la PDI, corresponde al Director General, quien para la consecución de estos objetivos tiene las máximas potestades administrativas y reglamentarias internas.
Las Regiones Policiales (15) son las instancias de nivel operativo encargadas de dirigir y coordinar las actividades en el territorio de su jurisdicción y de vincular a la Institución con los Intendentes y demás autoridades regionales. De las Regionales Policiales dependen las Brigadas de Investigación Criminal (BICRIM), unidades operativas que poseen asentamiento territorial y que se encargan de la investigación de todo tipo de delitos. Son las brigadas que poseen contacto directo con las comunidades, recibiendo denuncias de los ciudadanos y entregando información y orientación respecto de los problemas que los aquejan.
Las Jefaturas Nacionales (14) son los órganos ejecutivos que actúan en el ámbito de su competencia, determinado por la reglamentación y las leyes, enmarcados en las políticas, doctrinas y directrices institucionales. Son altas reparticiones que dependen administrativa y disciplinariamente de la Subdirección Operativa. De las Jefaturas Nacionales dependen las brigadas especializadas (Brigadas de Homicidios, Brigadas Investigadoras de Robos, Brigadas Investigadoras de Delitos Sexuales y Menores, etc.), unidades operativas que se encargan de la investigación de áreas específicas de los crímenes y delitos.